该校的天文学排名全美前5（在新墨西哥州沙漠中拥有自己的射电天文望远镜基地，类似刘慈欣的小说《三体》中的红岸基地，用于搜寻外星人，也是世界上最大的由高校管理运作的天文望远镜）。冥王星的发现者克莱德·威廉·汤博为该校天文系创始人之一并从20世纪50年代到70年代在该校担任天文学教授长达20余年，退休后仍留在新墨西哥，于1997年初在拉斯克鲁塞斯逝世。汤博还由于他的外星传奇而被世人所知并长期致力于外星人研究。1949年8月20日，汤博在新墨西哥州发现飞碟，据他描述是6到8个长方形的光点，“我怀疑这不可能是任何地球上的现象……”，当时还有许多人也目击了这个现象。汤博可能是看见过不明飞行物的最出名的天文学家。

新墨西哥州立大学除天文专业外，航天类专业全美排名前20，农学排名第5，教育学排名18，商学院为受AACSB认证的顶级商学院，工程学院也在美国颇有名气。商学院市场营销系名下的职业高尔夫球管理专业（PGA Golf Management）在全美排名第3，此排名由PGA（美国职业高尔夫球协会）认定 [2]  。根据U.S. News & World Report 2013年的全美大学排名报告，该校被评为美国国家一级研究型大学，也是新墨西哥州除新墨西哥大学外唯一跻身此名单的高等学府。新墨西哥州立大学拥有超过20个博士学位点，强大的研究传统和科研实力吸引着来自全世界的莘莘学子来该校进行着各类学术研究。该校还是美国为数不多拥有孔子学院的州立大学之一。

新墨西哥州立大学的地理位置非常特殊和重要。学校位于著名的洛斯阿拉莫斯国家实验室所在的沙漠边上，不仅为其培养和输送大量科研人员还参与过世界上第一颗原子弹的设计和试爆，故而该校拥有很强大的军工及航天背景，是NASA（美国国家航空航天局）拥有的Space Grant College（太空法案学校）之一，也是唯一或最高程度参与NASA’s Space Alliance Technology Outreach Program的高等院校。在最近的20年里，新墨西哥州立大学一直位于NASA提供的大额资金赞助项目的前几名。